Desa kalibeji ini terbentuk atas persatuan dan kesatuan dari beberapa agama dan ras yang mengharapkan rasa damai dan kenyamanan bersama tanpa ada penindasan disalah satu pihak. Desa kalibeji sudah ada sejak abad ke-14 bukti dari hal itu adalah adanya yoni situs watu gentong peninggalan era runtuhnya majapahit di area desa kalibeji. Meski demikian belum ditemukan secara persis kenapa desa ini disebut dengan “kalibeji”, menurut pemangku wilayah (kepala desa) desa kalibeji menyatakan bahwa kata “kalibeji” diambil dari “kali” dan “beji” dimana kata “kali” diambilkan dari dusun kaliglagah dan “beji” diambilkan dari dusun “beji” dulunya kedua dusun itu saling bertengkar dan akhirnya memutuskan untuk bersatu membentuk sebuah desa “kalibeji”